Meclisin, Hükümetin Ankara’ya taşındığı yeni dönemde Vakıf Türkiye’deki sağlık kuruluşlarına olan ilgisini arttırarak sürdürmüştür. Ağustos 1922’de Vakıf temsilcisi Dr. Victor G. Heise İstanbul’a gelmiş, Türkiye’deki hastanelere yardım etmek için aralarında ABD Yüksek temsilcisi Mark Bristol’ün de olduğu kişilerle toplantılar yapmış, hayır sever kurumlara ziyaretlerde bulunmuştur. ABD temsilcisi Bristol, Vakfın tıp, tarım ve Hıfzıssıha alanında faaliyet göstermesine yardımcı olunması ricası, Ankara Hükümeti’nin İktisat Bakanı Mahmut Esat (Bozkurt) Bey tarafından Vakfın Türkiye’ye davet edilmesi isteği, Başbakan Hüseyin Rauf (Orbay) Bey 24 Nisan 1923’te “Doğrudan vakıf müracaat etmeli” diyerek geri çevrilmiştir. Mahmut Esat Bey, Rockefeller Vakfının gönüllüsü gibi onun işlerini Ankara’da takip etmiştir. Daha sonra vakıf gönüllülüğü işini Refik Saydam, Mahmut Esat beyden devr almıştır.
TBMM seçimleri yenilenmiş, muhalefet devre dışı bırakılmış, cumhuriyet ilan edilmiş, CHP tek başına iktidara el koyarak dış ilişkilerde daha rahat bir döneme başlamıştır. 1924’de Vakıf temsilcisi Richard M. Pearce Türkiye’ye ziyarette bulunarak, Haydarpaşa Tıp Fakültesini, Amerikan Hastanesi ve Hemşirelik Okulu gibi kurumları ziyaret ederek, “Türkiye’de medikal eğitim” adlı bir rapor hazırlamıştır. Pearce’nin ziyaretinden kısa bir süre sonra ise Türkiye Hükümeti Vakfı resmen “Türkiye’de çalışmalara başlamak üzere bir temsilci göndermesi için”  davet etmiştir. Bu dönemde artık Refik Saydam Sağlık Bakanı’dır. Türkiye’de muhalefet partisi gibi arıza çıkaracak organlar da yoktur. Bütün ülke yalnızca bir kişinin iradesine bağlıdır ve o bir kişinin iradesi de “milli egemenlik” diye adlandırılmıştır.
Vakıf temsilcisi Selskar Gunn Mayıs 1925’te Türkiye’ye ziyarette bulunmuş, vakfın çalışmaları için bir plan hazırlamıştır. Planda halk sağlığı araştırması yapılması, eğitim ve araştırma bursları ve üst düzey temsilcilerin belli Avrupa ülkelerine ziyaretler gerçekleştirilmesi istenilmiştir. Raporda öngörülen plan çerçevesinde Sağlık Bakanı Refik Saydam 1926’da vakfın davetlisi olarak iki ay Avrupa’da incelemelerde bulunmuştur. Tam bağımsızlık ilkesine göre yönetilen Türkiye’nin Sağlık Bakanı ABD’li bir vakfın davetlisi olarak iki aylık süreyle Avrupa ülkelerinde neyi incelemiştir? ABD kapitalizminin Türkiye’ye yardım etmek için bu kadar hevesli davranmasına yol açan sebepler önemli olmalıdır. Günümüz şartlarında Türkiye Sağlık Bakanını, yabancı bir ülke vakfı tarafından iki ay süreyle yurt dışında ağırlanmasının yol açacağı tepkiler, rahatsızlıklar o dönemin Türkiye’sinde haber konusu bile olmamıştır.
Vakıf temsilcisi Selskar Gunn Mayıs 1925’te Türkiye’ye geldiğinde, ABD temsilcisi ona, “Türklerin bütün yabancılara kuşkuyla baktıklarını, buna karşılık ABD’lilerin itibarlarının iyi durumda olduğunu” söylemiştir. Bu ziyaret esnasında Vakıf temsilcisi Selskar Gunn ile tanışmak için Başbakan İsmet İnönü, onu Ankara’ya davet etmiştir. İnönü bu davetiyle, ABD temsilcisinin görüşünü doğrulamış olmalıdır. İnönü görüşmede, temsilci Selskar Gunn’ın “sadece hükümetlerle çalışmak gibi politikalarından” memnun kaldığını bildirmiştir. İsmet İnönü’yü memnun eden bir gelişme de vakfın, Hıristiyanlığı yaymak gibi dinsel misyonerlik yerine (eğitim ve sağlık alanında Batı bilimi ve ideolojilerini yaygınlaştırarak modernitenin değerlerinin hakim kılınması için “seküler misyonerlik ya da seküler hayırseverlik” yaklaşımı içinde olduğunu) duymuş olmasıdır. Dönemin Türkiye’sinde hayırseverliğin bile içi, amacı ve yönü değiştirilmiştir. Şaşırtıcı olan ise Yahudi sermayeli Rockefelelr Vakfının yeni dönemin Türkiye şartları ile uyumda hiçbir zorluk çekmemiş olmasıdır.
1920’li ve 1930’lu yıllarda Vakfın Türkiye’deki faaliyet alanlarını çizenlerden birisi de Vakfın Paris temsilcisi Dr. Ralp K. Collins olmuştur. “Türkiye’de Halk Sağlığı” konusunda bir rapor hazırlamıştır. 1940 yılına kadar kaldığı Türkiye’de, halk sağlığı konusunda vakfın çalışmalarını sevk ve idare etmiştir. 

Türkiye-ABD arasında 17 Şubat 1927’de yeniden diplomatik ilişkiler kurulmuş, ekonomik ilişkiler arttırılmış, 1929’da imzalanan Seyr-i  Sefain Anlaşması ile taraflar karşılıklı olarak “en çok müsaadeye mazhar millet” statüsü tanımıştır. 1929 Anlaşması ile ABD Sermayesine Türkiye’den yeniden yatırım yapma imkanları sağlanmıştır. Ford şirketine imtiyaz (1929), Türk-Amerikan ortaklığına Kibrit Tekeli imtiyazı (1930) gibi somut adımlar atılmıştır. Anlaşma her ne kadar karşılıklılık öngörülmüş ise de, Türk tarafının gidip ABD’de yatırım yapma imkanı olmadığından dolayı aslında imtiyaz tek taraflı olarak, Rockefeller ve Ford gibi büyük ABD sermaye kuruluşlarına verilmiştir. Ancak ABD sermayesine verilen bu tekeller, dönemin Türk makamları tarafından yine de “Türkiye’nin tam bağımsızlığı esasına” zararlı sayılmamıştır.
Türkiye Hükümeti, Rockefeller ve onun etkisindeki kuruluşları, ulusal ihtiyaçlara göre şekillendirmeyi kendince tercih etmiştir. Çünkü Mart 1925’te Luckett ve Gray tarafından yazılan Elements of Public Health Administration  (Genel Sağlık Yönetiminin Esasları) adlı kitabın  bakanlık tarafından Türkçeye çevrilen baskısındaki önsözünde Refik Saydam; “Türkiye Cumhuriyeti’nin girdiği yolda Türk milletinin hayat ve sağlığı, takip etmesi lazım gelen sağlık ve sosyal program için, ne tecrübelere girişmesine zaman vardır, ne de bu gibi tecrübelere verecek parası vardır. Bunun için bütün milletlerin tecrübelerinin sonuçlarından hemen yararlanmak isteriz.”
Elbette burada söz konusu olan bütün milletten murad edilen, ABD tecrübesidir, ABD sermayesidir. Özellikle Rockefeller Vakfına bağlı kuruluşlardır. Refik Saydam bunu doğrudan söylemek yerine “bütün milletlerin tecrübeleri” diyerek çoğul bir ifade kullanmıştır. Bu alanda bilgi birikimine ve tecrübeye sahip olan Vakfın halk sağlığı programlarını da şartsız olarak kabul ettiğini ilan etmiştir.